TACC2019 - Experiencias en el desarrollo de Fatiando a Terra.pdf (5.96 MB)
Download file

Slides: Experiencias en el desarrollo de Fatiando a Terra

Download (5.96 MB)
presentation
posted on 04.12.2019, 15:51 authored by Santiago Rubén SolerSantiago Rubén Soler
Diapositivas presentadas en el Taller Argentino de Computación Científica 2019.

Slides presented at Taller Argentino de Computación Científica 2019.

Abstract

Las Ciencias de la Tierra buscan responder preguntas acerca de la estructura y procesos que se dan dentro del planeta Tierra. Los problemas a resolver dentro de estas disciplinas son cada vez más complejos: disponemos de cada vez mayores cantidades de datos, requieren colaboraciones multidisciplinarias e involucran algoritmos de resolución cada vez más complejos. Actualmente existen en el mercado muchos Software privativos que ofrecen soluciones a estos problemas, principalmente diseñados para la industria. Sin embargo existen proyectos de código abierto que datan desde hace muchas décadas, tales como Seismic Unix (~70s), GMT (1988), TauP (1999), QGIS (2002), Madagascar (2006), entre otros. En estos últimos años la cantidad de Software de código abierto en geociencias ha aumentado considerablemente: Obspy, Fatiando a Terra, SimPeg, PyGMI, pyGIMLi, GPlates, Bruges, PyRocko, por nombrar algunos. La mayoría de estos proyectos poseen como principal objetivo construir herramientas que puedan ayudar a otres colegas a resolver sus propios problemas, recibir colaboraciones de otres científiques y ayudar a garantizar la reproducibilidad en las publicaciones científicas. Una característica particular de estos proyectos es que la mayoría son desarrollados de manera comunitaria principalmente por les mismes científiques que los utilizan. Esto hace al desarrollo de Software una de las tareas cotidianas de científiques que no necesariamente poseemos amplios conocimientos en las Ciencias de la Computación.

Como Licenciado en Física y actualmente doctorando en Geofísica, participo como desarrollador de Fatiando a Terra, donde he tenido la oportunidad de aprender a utilizar herramientas computacionales tanto para resolver los problemas científicos en particular así como para colaborar al mantenimiento y desarrollo de las librerías pertenecientes al proyecto. El objetivo de esta Charla es incentivar a otres científiques que se encuentren desarrollando librerías abiertas, o deseen hacerlo, a adoptar algunas de las prácticas y herramientas que utilizamos dentro de Fatiando a Terra, exponiendo experiencias personales junto con ventajas y desventajas de cada una de estas prácticas y herramientas.

Dentro de estas prácticas podemos encontrar la utilización de un controlador de versiones (git), el almacenamiento del código en una plataforma que permite gestionar Issues y Pull Requests, la incorporación de nuevas características basadas en código bien escrito, documentado y con funciones de testeo, además de añadir ejemplos de uso de las nuevas características cuando sea posible. Además, existen muchas prácticas que facilitan el trabajo cotidiano y eleva la calidad de nuestro proyecto, como solicitar que nuestres colegas revisen nuestro código antes de ser incorporados a la rama principal del proyecto, utilizar estilos de escritura estandarizados, mantener un historial ordenado dentro del controlador de versiones, entre otras.

Muchas de las tareas involucradas en estas prácticas son repetitivas y fácil de olvidar. Para ello hacemos uso de bots y servicios de Continuous Integration (integración continua), los cuales ejecutan estas tareas de manera automatizada. Por ejemplo, a la hora de incorporar un cambio en nuestro código, los servicios de Continuous Integration ejecutan las funciones de testeo y reportan sus resultados, lo cual permite asegurarnos si esta nueva modificación introduce algún tipo de error al código preexistente. Otra tarea que resulta muy útil automatizar es la construcción de la documentación: una vez que algún cambio es incorporado a la rama principal del proyecto, los servicios se encargan de compilarla incluyendo los últimos cambios y luego publicarla para que se encuentre accesible a los usuarios.

Además, deseo exponer cómo el desarrollo de librerías de código abierto mejora el avance de la Ciencia a partir de experiencias personales. Este tipo de proyectos se caracterizan por facilitar el intercambio de conocimiento, incentivar la colaboración entre científiques, ahorran esfuerzos e incluso permiten la creación de Journals específicos para Software abierto, por ejemplo el Journal of Open Source Software (JOSS), que introducen una forma muy eficiente y novedosa de realizar revisión por pares.

Finalmente, deseo que mi experiencia personal pueda serle útil a otres científiques que se encuentren desarrollando proyectos de código abierto en su área de conocimiento e incentivar a aquelles que deseen comenzar a hacerlo. De igual forma, espero poder recibir consejos y mayor información proveniente de les colegas que posean experiencia en el desarrollo de este tipo de proyectos, a fin de mejorar el flujo de trabajo que poseemos dentro de Fatiando a Terra. En resumen, favorecer el intercambio de experiencias dentro de la audiencia con el fin de ampliar el universo de proyectos de código abierto dentro de la Ciencia.

History

Usage metrics

Licence

Exports