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Cómo escribir manuscritos reproducibles

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posted on 19.10.2020, 16:32 by Francisco Rodriguez-Sanchez
En esta charla se introducen las ventajas de desarrollar flujos de trabajo reproducibles, y se explica cómo escribir manuscritos, tesis, informes o proyectos de investigación reproducibles utilizando diversas herramientas en torno al lenguaje de programación R.

La reproducibilidad no es una cualidad binaria sino un gradiente: existe una reproducibilidad básica, al alcance de casi todos pero aún poco frecuente, que consiste simplemente en compartir los datos y el código asociados a la publicación. En la charla se repasan las mejores pautas para compartir datos y código.

Asimismo, se destaca el enorme potencial de Rmarkdown (documentos dinámicos que integran texto y código) para escribir manuscritos o tesis plenamente reproducibles, integrando además bibliografía, tablas y figuras con múltiples posibilidades de formato.

También se incide en la necesidad, frecuentemente obviada, de controlar los flujos de trabajo (utilizando un script maestro o 'makefile', o herramientas avanzadas como 'drake' o 'targets') así como las dependencias de software de nuestro análisis (utilizando herramientas como, por ejemplo, 'checkpoint', 'automagic', 'renv', o 'Docker').

Por último, se dan algunas pautas sobre organización de proyectos, presentando herramientas como 'rrtools' o 'workflowr' que facilitan el desarrollo de 'compendios de investigación' estandarizados aprovechando gran parte de la maquinaria disponible para el desarrollo de paquetes de R.

Vídeo disponible en: https://youtu.be/TKhV3w467RI?t=13

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