Mapping evolutionary paradigm of bovine viral diarrhea virus Npro associated with different organizations of nucleotide

牛病毒性腹泻病毒 （BVDV） 的非结构蛋白 （Npro） 是一种关键的毒力因子，可损害宿主的抗病毒免疫反应并促进病毒产生。本研究为理解不同的选择压力如何影响 BVDV Npro 中核苷酸对、同义密码子和环境依赖性密码子偏差 （CDCB） 的形成奠定了基础。与其他基因型相比，BVDV 基因型 1 表现出更多的亚基因型，但其在 Npro 中的总体核苷酸使用偏倚更强。在 Npro 中，某些二核苷酸，特别是 CpG 和 UpA，被显著抑制，而 UpG 在所有基因型中被高频率选择。BVDV Npro 编码序列在同义密码子使用中表现出明显的偏差，并具有区分基因型的遗传能力。与 BVDV 基因分型相关的单核苷酸和同义密码子用法不同，尽管由于 Npro 编码序列中的高突变率，核苷酸对用法和 CDCB 差异很大，但这两种核苷酸结构表现出超越基因型特异性模型的独特进化范式。除了病毒基因组中高突变率带来的核苷酸组成限制外，翻译选择和宿主免疫反应产生的自然选择压力也显着影响 BVDV Npro 编码序列中各种核苷酸结构的形成。通过分析与 Npro 编码序列中不同核苷酸结构相关的遗传特征，核苷酸对、同义密码子和 CDCB 的不同库可能为 BVDV 突变体提供充足的直接适应和驱逐机会，从而克服宿主强大的免疫防御。牛病毒性腹泻病毒 （BVDV） 的非结构蛋白 （Npro） 是一种重要的毒力因子，可损害宿主的抗病毒免疫反应并促进病毒产生。