公共オミックスデータ検索とそれを活用したデータ解析支援

DBCLSは国際塩基配列データベースを運営しているDNA Data Bank of Japan（DDBJ）と連携し公共オミックスデータのレポジトリ DDBJ Omics aRchive（DOR）の構築にも関わっている。これまで長年にわたって維持管理してきた遺伝子発現目次AOE（http://aoe.dbcls.jp/）を発展させてDORの検索システムにも使えるようにし、各自のオミックス研究に大量塩基配列データを活用できるように検索ツール開発を行っている。ただツールを作成しただけでは使われにくいため、構築した検索システムをフル活用した研究支援にも取り組んでいる。以下の参考論文で活用された疾患モデルにおけるオミックスデータ解析実例に関して報告する。

参考論文:

1. Okamoto A et al. HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function confers resistance to lidocaine-induced cell death Scientific Reports 7:3816 (2017) doi:10.1038/s41598-017-03980-7

2. Kikuchi A et al. Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes BMC Genomics 18:83 (2017) doi:10.1186/s12864-016-3455-y