How to make the most of public gene expression data? Simple solution from DBCLS

分子生物学分野における解析手法の革新的進歩により、遺伝子発現を測定する手法もマイクロアレイや次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム配列解読(RNA-seq)といった手法が開発され、その結果測定された遺伝子発現データが大量に公共データベースに登録されている。それらを積極的に活用することは、バイアスの少ないデータからの仮説構築や予備実験の減少、自らの実験データの補強など、限られた研究時間および資金を有効に活用するために効果的であると考えられるが、多くの実験生物学者にとってその障壁は高いのが現状である。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)では、データの再利用を促進し、知のめぐりをよくするための一環として遺伝子発現データの再利用に関しても長年取り組んできた。RefEx(Reference Expression dataset; http://refex.dbcls.jp/) は、ヒト、マウスおよびラットを対象に、4つの異なる実験手法 (EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq) によって得られた種々の正常組織におけるリファレンスデータセットである。遺伝子発現量を並列に表現することで、手法間の比較とともに各遺伝子の発現量を直感的に比較することが可能である。また、最近、初代培養細胞、臓器、あるいは数多くの細胞株における大規模なヒトおよびマウスのCAGEデータ(RIKEN FANTOM5)を追加し、これまでよりも高解像度かつ広範囲な発現データを閲覧できる。AOE(All Of gene Expression; http://aoe.dbcls.jp/)は、 公共遺伝子発現データベースの目次 で、ヒストグラムからデータを選択、項目を選択してリスト表示、生物種ごとや手法ごとのデータ数の登録データランキングでより探しやすくなっている。本発表ではこれらの遺伝子発現データリソースを紹介し、いくつかの使用実例を示す。